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Les fichiers de données pour CPC
Fernando NIÑO
Table des matières
Introduction
Dans le cadre des programmes EEDEN (Environments and Ecosystem Dynamics of the Eurasian Neogene), ECLIPSE et Biodiversité, la banque de données Polliniques et des valeurs Climatiques du Cénozoïque (Cenozoic Pollen database and Climatic values, C.P.C.) a été créée. Cette banque de données a été réalisé dans le but de rassembler les données polliniques qui couvrent l'ensemble du Cénozoïque d'Europe, d'Afrique du Nord et du Moyen-Orient. Elle facilitera le développement des fonctions de transfert et l'établissement de cartes de végétation d'après les données polliniques.Le site CPC (http://www.mediasfrance.org/cpc/) a été développé afin de permettre à tout le monde de consulter la base de données polliniques.
1 Navigation
Le concept de navigation est classique: des hyper-liens sont présents horizontalement, en haut de la page. Ils sont toujours les mêmes:- What is CPC ?
- CPC data
- Links
- Contact
- News
En plus de bandeau de navigation il existe un autre, sur la gauche, qui contient les liens spécifiques à la page visitée; ce sont donc des liens contextuels.
2 Les métadonnées
Les métadonnées sont les données contenant des informations permettant de décrire les données (nom des sites existants, noms des étages géologiques, les types de sédiments susceptibles d'être rencontrés, le nom et le groupe des taxons, etc...).Dans le lien «Data search» on peut visualiser toutes les métadonnées (à gauche, lien «View metadata»)., par catégories, mais leur modification ne peut se faire que par l'administrateur.
- COUNTRIES
- LOCALITIES
- SITES
- DEPOSIT TYPES
- STAGES
- LITHOLOGIES
- BIOSTRATIGRAPHIC MARKERS
- MAGNETOSTRATIGRAPHIC CHRONS
- CLIMATIC PARAMETERS
- TAXA
- TAXA GROUPS
3 Les fichiers de données
Les fichiers de données sont les fichiers sur lesquels nous retrouvons tous les résultats obtenues à partir des différents échantillons de chaque sites. Ces résultats sont regroupés dans des fichiers texte. Nous retrouverons donc pour chaque sites un fichier avec les résultats du comptage des taxons et un fichier avec les résultats climatiques (si cela a été fait).Ces fichiers doivent être enregistrés sous forme de fichier CSV («comma-separated-values», le format courant d'exportation de fichiers excel) pour pouvoir être téléchargés pour vérification et intégration (uniquement par l'administrateur du site).
Ces fichiers doivent impérativement avoir le suffixe _Pollen-Strati.csv pour les fichiers de comptage des taxons et _Climate.csv pour les fichiers des mesures climatiques (par exemple: Garraf 1_Pollen-Strati.csv , Garraf 1_Climate.csv).
Une fois téléchargés, les fichiers sont automatiquement validés. En cas d'échec de la validation (e.g. taxon non référencé), l'intégration sera refusée - dans ce cas, soit on corrige le fichier de données, soit on met à jour les métadonnées (e.g. si un taxon n'y est pas référencé).
3.1 Format du fichier Pollen-Strati
Le fichier CSV (séparés par des points-virgules) en question doit comporter une première ligne comportant les entêtes des informations. De cette première ligne, une partie est obligatoire et le reste est variable.Partie obligatoire:
- L'épaisseur ou profondeur de l'échantillon (thickness ou depth), toujours en mètres.
- Le numéro d'échantillon (samples)
- L'age estimée, en millions d'années.
Example (sur une seule ligne):
Depth (m);Samples;Sediment type;Biostratigraphy (Foraminifers);
Magnetostratigraphy; Stage;Age (Ma); Cathaya;Cedrus;Tsuga;Picea;Abies
La deuxième partie est celle des marqueurs bio et magnetostratigraphiques (non obligatoires) ainsi que le comptage des taxons. Tous les éléments de cette deuxième partie doivent être référencés comme métadonnées (les parties non-gras dans l'exemple ci-dessus)..
La comparaison des entêtes et des métadonnées se fait en ignorant la casse (tout est converti à des majuscules).
3.2 Format du fichier Climate
Ce fichier ne peut exister qu'associé à un fichier de données Polliniques, lui-même étant optionnel. Comme pour le fichier précédant, la première ligne indique le contenu du fichier; dans celle-ci deux parties sont présentes:Première partie obligatoire:
- Dans la première colonne, toujours la profondeur (ou épaisseur) de l'échantillon.
- Dans la deuxième, le numéro d'échantillon qui doit correspondre à celui indiqué dans le fichier Pollen associé.
Ce document a été traduit de LATEX par HEVEA.